Han pasado siglos desde que los océanos se alzaron y engulleron todas las naciones de los hombres. Ahora, solo bestias y horrores invisibles acechan bajo las olas, contenidos por un solo hombre: el «Capitán Nemo», a bordo de su legendaria nave, el «Nautilus». Hasta que un día, Arona, una joven huérfana con un misterioso parecido a él, sube a bordo de su barco. Su llegada trae consigo preguntas que obligan a «Nemo» a desenterrar el pasado: ¿Qué fue del mundo? ¿Puede ser salvado? ¿Y valió la pena todo esto?