Insiste Medina, en sus conclusiones, sobre el grave desorden moral que reinó entre los propios inquisidores de Lima, y en los primeros decenios de la instalación del Tribunal en el Perú. Lo revelan no sólo los informes acusatorios de los virreyes (también se quejaban de los virreyes los inquisidores) sino las mutuas denuncias del personal de la Inquisición.
Era frecuente (se indignaba de ello Las Casas y lo prueban muchos autos de residencia) que los gobernantes mandados a las Indias para imponer el cumplimiento de las leyes se contagiaban pronto del espíritu de codicia y tiranía que dominaba el ambiente.
De igual modo los primeros inquisidores encargados de velar por la pureza de la fe y por la limpieza de las costumbres en cuanto significaba respeto a los sacramentos, se ponen pronto a tono con la vida de la colonia, y revelan, al poco tiempo de llegar, «un alma tea, esclava de los siete pecados capitales». La visita de Ruiz de Prado es abrumadora para su colega Gutiérrez de Ulloa.
En éste la ambición, la soberbia y la violencia se dan la mano con la desordenada codicia y la prevaricación; sus amancebamientos sucesivos con casadas causan permanente escándalo. Alguna razón tendrá Medina al insinuar que la historia de la Inquisición de Lima explica aspectos duraderos de la vida de los pueblos hispanoamericanos, ilumina reconditeces que se suelen ocultar púdicamente, pero hay que tener presentes para entender la «sociabilidad», es decir la vida social moderna de dichos pueblos. Pues, en pocas partes de la cristiandad hubo fe más ingenua en lo sobrenatural y hubo necesidad de más indulgencia para algunos de los que traen diariamente a Dios en la mano y en la boca.
Habrá que tener todo esto en cuenta para entender a fondo la originalidad de una herejía peruana como la del dominico Fray Francisco de la Cruz. En ella se une la más clara relajación de costumbres y algo de magia blanca con un profetismo casi delirante.
