Le syndrome de crise génétique (SCG) est un concept qui décrit un événement physiopathologique lié à des changements génétiques dans le microbiote, conduisant finalement à des effets néfastes sur l'hôte. Ce syndrome a commencé à être mis en évidence avec l'apparition des cultures génétiquement modifiées (GM). Les technologies transgéniques ont été développées pour modifier les génomes des plantes en leur conférant une résistance aux parasites, aux herbicides, aux champignons et aux virus, ainsi qu'une tolérance à la sécheresse et à la salinité du sol. Les génomes des plantes ont été modifiés par l'introduction de gènes de résistance aux parasites afin d'éviter l'utilisation de pesticides chimiques, ce qui a permis de mettre en place une agriculture plus respectueuse de l'environnement. De nombreux microbes ont été génétiquement modifiés avec des gènes antiparasitaires et antifongicides qui pourraient empêcher l'invasion de parasites, mais la controverse sur les aliments génétiquement modifiés n'a jamais découragé les chercheurs.