Dans le lycée de haut niveau de Tokyo, les élèves sont évalués selon leurs capacités et répartis dans des classes en fonction de leur niveau. Ayanokôji est élève dans la seconde D, le rang le plus bas. Après les examens de mi-semestre que lui et ses camarades ont réussi, la jolie Kushida l'appelle au secours afin de venir de nouveau en aide à Sudô : trois garçons de la classe C l'accusent de les avoir agressés, mais ce dernier clame son innocence. Afin de déjouer ce complot, Ayanokôji sollicite alors Horikita, mais elle se montre réticente pour une raison inconnue. Le seul conseil qu'elle lui donne est d'aller voir une de leurs camarades de lycée : Sakura, une fille ordinaire. En poursuivant leurs investigations, Ayanokôji et ses amis découvrent le secret bien caché de la jeune fille... De plus, la mystérieuse Ichinose de la seconde B se joint à eux pour sauver Sudô et éviter son expulsion.