Der junge Archäologe Milo Thatch nimmt an einer Expedition zur Suche nach Atlantis teil. Tief unter dem Meer findet Milo das versunkene Königreich und lernt Kida kennen, die schöne Tochter des Königs. Als die beiden einen geheimnisvollen riesigen Kristall entdecken, geraten sie in große Gefahr: Rücksichtslose Verbrecher wollen den unschätzbar wertvollen Kristall stehlen. Können Milo und Kida den Raub verhindern und Atlantis so vor dem endgültigen Untergang bewahren?