Dopo una lunga e sanguinosa guerra, il capitano Connor, ne esce sconfitto e ritorna alla vita civile, cercando il suo ruolo nel nuovo mondo che sta nascendo dalla cenere e dalle macerie. Dopo mesi di vagabondaggio insieme alla sua compagna d'armi, Jenna, torna al suo villaggio d'origine per riflettere sulla situazione, dividendosi dalla donna, che decide di fare altrettanto.
Diventa un cacciatore di taglie e uccide per vivere, ma continua a covare un desiderio di libertà, che si rifà vivo grazie al nuovo incontro con Jenna: acquistare un'astronave da trasporto e viaggiare per la galassia.
Jenna, dal suo canto, si avventura in una tremenda e sanguinosa vendetta per scoprire chi ha ucciso la sua famiglia. Solo quando questa si compie, dopo diverse traversie, può finalmente tentare di ricostruirsi una nuova esistenza con il suo amico Capitano
Acquistata la nave da trasporto, ribattezzata "Destiny", Connor e Jenna formano un piccolo equipaggio di personaggi fuori dal comune, con l'intenzione di mantenere la propria libertà e restare fuori dai radar della temibile Alleanza.
Si faranno strada attraverso la galassia tra sparatorie, rapine e contrabbando di merce rubata, sotto il naso delle Autorità, fino a quando, ingaggiati da un ex-membro del governo centrale, il capitano Connor e la sua "ciurma" si imbatteranno in un oscuro esperimento che gli scienziati stanno compiendo su di un lontano mondo. Questa scoperta condurrà il Capitano a far riemergere il guerriero che c'è in lui fino a sfidare nuovamente il governo dell'Alleanza.