Dans cette étude, nous confirmons la présence de trois sérotypes (A, O, SAT2) du virus de la fièvre aphteuse circulant dans les gouvernorats égyptiens et indiquons la prévalence du virus de la fièvre aphteuse nouvellement apparu. Nous étudions également la caractérisation moléculaire du virus et la relation épidémiologique entre les virus du même sérotype afin de détecter les mouvements transfrontaliers du FMDV qui révèlent la circulation de différents sérotypes et topotypes en Égypte (topotypes O-EA3, A- Iran-05 et SAT2- VII).La séquence nucléotidique du gène Vp1 et l'analyse phylogénétique ont confirmé la présence du topotype O- EA-3 (East Africa-3), étroitement lié aux récents isolats égyptiens, mais présentant une forte divergence nucléotidique avec la souche vaccinale utilisée (15 % de différence nucléotidique),Il est donc nécessaire d'étudier la protection croisée entre les souches détectées et le vaccin actuellement utilisé afin d'assurer une protection maximale contre la maladie et le virus en circulation, et de poursuivre les études sur la relation immunogène et les caractères antigéniques entre les sérotypes du virus de la fièvre aphteuse et la souche vaccinale utilisée pour le contrôle de la maladie, avec un suivi continu de la variabilité de la séquence nucléotidique des sérotypes.