Teil 1: So hat Arthur (Freddie Highmore, gesprochen von Tokio Hotel Sänger Bill Kaulitz) sich die Sommerferien nicht vorgestellt: Das Grundstück seiner Großmutter (Mia Farrow) ist in Gefahr und kann nur durch den Schatz seines verschwundenen Großvaters gerettet werden. Das Problem: Der Schatz ist tief unter dem Garten, im märchenhaften Land der winzigen Minimoys verborgen - und Arthur bleiben nur 48 Stunden Zeit.
Durch einen Zauber schrumpft Arthur auf 2 mm Größe und gelangt in das Königreich der Minimoys. Doch damit geht das Abenteuer erst richtig los, denn das Reich wird von einem unheimlichen Tyrannen bedroht ...
Zum Glück stehen Arthur die Minimoy-Prinzessin Selenia (gesprochen von Nena) und ihr Bruder zur Seite.Werden die drei den bösen Maltazard besiegen und den geheimnisvollen Schatz finden?
Teil 2: Mitten in seiner Vorfreude erreicht Arthur ein eiliger Hilferuf auf einem Reiskorn. Kein Zweifel - der muss von den Minimoys kommen! Arthur überlegt nicht lange und begibt sich auf eine gefährliche Reise. Kopfüber landet er in Max' Bar und muss sich gleich mit den Truppen von Kröb, dem neuen Tyrannen der Sieben Königreiche, anlegen, um seinen Freund Beta zu befreien. Als die beiden schließlich im Dorf der Minimoys ankommen, ist Selenia verschwunden. Dahinter kann nur einer stecken: der böse M, der zurückgekehrt ist und einen finsteren Plan schmiedet...
Teil 3: Maltazard, der böse M., - jetzt sagenhafte zwei Meter groß - hat sich mit einem schrecklichen Plan unter die Menschen gemischt: er will mit seiner grausamen Armee riesiger Monster die Macht über das ganze Universum erlangen. Nur einer kann ihn aufhalten: Arthur! Doch Arthur lebt als Minimoy in deren Königreich tief unter dem Garten seiner Großeltern. Er muss die Welt der Minimoys verlassen und sich auf die gefährliche Reise ins Haus seiner Großeltern begeben, um das Elixir zu finden, das ihn wieder zum Menschen macht. Natürlich begleiten ihn seine besten Freunde: die schönen Minimoy-Prinzessin Selena und ihr kleiner Bruder Beta. Zu Fuß, mit dem Rad, dem Auto und auf dem Motorrad begeben sich die drei Minimoys auf ihre aufregende Reise durch die Welt der Menschen. Sie nutzen jedes Mittel und brauchen jede Hilfe, um den bösen M. endlich und für immer zu besiegen!